Kontrolní hlášení je dalším dokumentem, který budou plátci DPH předkládat svému místně příslušnému správci daně vedle daňového přiznání. Mělo by představovat jeden z účinných nástrojů v boji proti daňovým únikům a podvodům. Svým obsahem vychází z evidence pro daňové účely (tzv. záznamní povinnost), kterou jsou všichni plátci již v současnosti povinni vést.
V kontrolním hlášení budou mimo jiných údajů uvedena i plnění podléhající režimu přenesení daňové povinnosti (jak ze strany dodavatele, tak odběratele), která jsou dosud vykazována a správci daně elektronicky předkládána ve výpisu z evidence. Vzhledem k účinnosti kontrolního hlášení od 1. ledna 2016 tak již nebude výpis z evidence dále předkládán. Na povinnosti předkládat souhrnné hlášení s uskutečněnými přeshraničními transakkcemi se však nic nemění.
Nahrazuje výpis z evidence pro daňové účely, který je dnes předkládán v souvislosti s režimem přenesení daňové povinnosti v tuzemsku, např. u stavebních nebo montážních prací, dodávek šrotu a odpadu nebo u dodávek obilovin a kovů.
Povinnost podávat kontrolní hlášení budou mít prakticky všichni plátci DPH. Konkrétně se bude jednat o plátce, kteří uskutečnili nebo přijali zdanitelné plnění s místem plnění v tuzemsku, včetně přijatých a poskytnutých úplat před uskutečněním zdanitelného plnění, a realizovali plnění ve zvláštním režimu pro investiční zlato. Do kontrolního hlášení se tak budou mimo standardní tuzemské transakce zahrnovat například i pořízení zboží z jiného členského státu a přijetí některých služeb od osob neusazených v tuzemsku.
Lhůta pro podání kontrolního hlášení je odlišná pro právnické a fyzické osoby. Zatímco fyzické osoby budou předkládat kontrolní hlášení ve lhůtě pro podání daňového přiznání, tedy měsíčně nebo čtvrtletně, právnické osoby ho budou předkládat vždy měsíčně, a to do 25 dnů po skončení měsíce. Plátce, který za sledované období žádné z výše uvedených plnění neuskutečnil nebo nepřijal, kontrolní hlášení předkládat nebude.
Poprvé se bude podávat za měsíc leden 2016, tj. k 25. únoru 2016 nebo pro čtvrtletní plátce (mohou být je FO) za I. čtvrtletí 2016, tj. k 25. 4. 2016.
Kontrolní hlášení lze podat pouze elektronickou formou, a to ve formátu a struktuře stanovené správcem daně. Přesná struktura xml souborů však prozatím zveřejněna nebyla. GFŘ navíc připustilo, že právě zveřejněná informace o kontrolním hlášení není finální a do 1. ledna 2016 ještě může dojít k dílčím úpravám. V takovém případě samozřejmě najdete informace na těchto stránkách.